AT4G12430.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 0.732 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : Haloacid dehalogenase-like hydrolase (HAD) superfamily protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
Haloacid dehalogenase-like hydrolase (HAD) superfamily protein; FUNCTIONS IN: catalytic activity, trehalose-phosphatase activity; INVOLVED IN: trehalose biosynthetic process, metabolic process; EXPRESSED IN: sperm cell, male gametophyte, pollen tube; EXPRESSED DURING: L mature pollen stage, M germinated pollen stage; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: HAD-superfamily hydrolase, subfamily IIB (InterPro:IPR006379), Trehalose-phosphatase (InterPro:IPR003337); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: Haloacid dehalogenase-like hydrolase (HAD) superfamily protein (TAIR:AT4G22590.1); Has 2381 Blast hits to 2375 proteins in 851 species: Archae - 41; Bacteria - 1352; Metazoa - 219; Fungi - 150; Plants - 494; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 125 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr4:-:7365480..7367346 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 41609.80 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 9.57 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.45 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 368 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MDLNSNHKSS VLKDPSPSVN QSRLGVSSRF MMSQWKKPAK LDDVRSNGWL DAMISSSPPR KKLVKDFNVE VAPEDDFAQR AWMVKYPSAI SSFAHIAAQA 101: KKKKIAVFLD YDGTLSPIVD DPDRAIMSDA MRSAVKDVAS YFPTAIISGR SRDKVYQLVG LTELYYAGSH GMDIMTSSDG PNCFKSTDQQ GKEVNLFQPA 201: REFIPVIDEV FRTLVEKMKD IKGAKVENHK FCASVHYRNV DEKDWPIIAQ RVHDHLKQYP RLRLTHGRKV LEVRPVIDWN KGRAVEFLLE SLGLSNKDDL 301: LPIYIGDDTT DEDAFKVLRD GNRGFGILVS SIPKESNAFY SLRDPSEVKK FLKTLVKWAK LEKNSTGF |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)