AT4G12240.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:mitochondrion 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : zinc finger (C2H2 type) family protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
zinc finger (C2H2 type) family protein; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Zinc finger, C2H2-like (InterPro:IPR015880), Zinc finger, C2H2-type (InterPro:IPR007087); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: C2H2-like zinc finger protein (TAIR:AT5G52010.1); Has 77 Blast hits to 77 proteins in 17 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 0; Fungi - 4; Plants - 71; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 2 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr4:+:7287895..7288989 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 41911.10 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 9.42 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.67 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 364 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MFSRFVLKSW RPKTQTTSLN SIKGFSFSSS SINPKPKIRV GVWWDLDNKP PASFPPYDAA VKLRTAASSF GTVKLMMAYA NRHAFSYVPL EVREQRKDRK 101: LLNKLENKGL VKPPEPYFCG VCDRRFYTNE KLINHFKQIH ETENQKRMRQ IESSKGHRRV RLVAKYSMKI EKYKRAARNV LTPKEGYGLA DELKRAGFWV 201: KMVSDKPDAA DKALKEHLVE VMDKREVECV VLVSDDSDFA GILWEAKERC LRTVVIGDSN EGALKRVADV AYSWKEVTMG KAKKEVEKVV GKWKDRDVLK 301: KLEWTYDPAL EKERGGSCGV WDYEFDYDDE IENGTEVEPV EIGDGVDWWK IDTEDGVGSS RTCR |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)