AT4G11830.2
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:cytosol 0.899 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : phospholipase D gamma 2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Encodes one of three phospholipase D enzymes of the gamma class. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
phospholipase D gamma 2 (PLDGAMMA2); FUNCTIONS IN: phospholipase D activity; INVOLVED IN: phospholipid catabolic process; LOCATED IN: cytosolic ribosome, chloroplast; EXPRESSED IN: 23 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: C2 membrane targeting protein (InterPro:IPR018029), Phospholipase D (InterPro:IPR015679), C2 calcium/lipid-binding domain, CaLB (InterPro:IPR008973), Phospholipase D, plant (InterPro:IPR011402), Phospholipase D/Transphosphatidylase (InterPro:IPR001736), C2 calcium-dependent membrane targeting (InterPro:IPR000008); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: phospholipase D gamma 3 (TAIR:AT4G11840.1); Has 2065 Blast hits to 1596 proteins in 399 species: Archae - 2; Bacteria - 528; Metazoa - 398; Fungi - 435; Plants - 545; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 157 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr4:-:7115985..7119683 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 96029.10 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 8.18 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.35 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 856 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MSMGGGSNHE FGQWLDQQLV PLATSSGSLM VELLHGNLDI WVKEAKHLPN MICYRNKLVG GISFSELGRR IRKVDGEKSS KFTSDPYVTV SISGAVIGRT 101: FVISNSENPV WMQHFDVPVA HSAAEVHFVV KDNDPIGSKI IGVVGIPTKQ LCSGNRIEGL FPILNSSGKP CRKGAMLSLS IQYTPMERMR LYQKGVGSGV 201: ECVGVPGTYF PLRKGGRVTL YQDAHVDDGT LPSVHLDGGI QYRHGKCWED MADAIRRARR LIYITGWSVF HPVRLVRRNN DPTEGTLGEL LKVKSQEGVR 301: VLVLVWDDPT SMSFPGFSTK GLMNTSDEET RRFFKHSSVQ VLLCPRYGGK GHSFIKKSEV ETIYTHHQKT MIVDAEAAQN RRKIVAFVGG LDLCNGRFDT 401: PKHSLFGTLK TLHKDDFHNP NFVTTEDVGP REPWHDLHSK IDGPAAYDVL ANFEERWMAS KPRGIGKGRT SFDDSLLRIN RIPDIMGLSE ASSANDNDPE 501: SWHVQVFRSI DSTSVKGFPK DPEEATGRNL LCGKNILIDM SIHAAYVKAI RSAQHFIYIE NQYFLGSSFN WDSNKDLGAN NLIPMEIALK IANKIRAREN 601: FAAYIVIPMW PEGAPTSKPI QRILYWQHKT MQMMYQTIYK ALLEVGLDGQ LEPQDFLNFF CLGNREVGTR EVPDGTVNVY NCPRKPPQPN AAQVQALKSR 701: RFMIYVHSKG MVVDDEFVLI GSANINQRSL EGTRDTEIAM GGYQPHHSWA KKGSRPRGQI FGYRMSLWAE HLGFLEQEFE EPENMECVRR VRQLSELNWG 801: QYAAEEVTEM SGHLLKYPVQ VDKTGKVSSL PGCETFPDLG GKIIGSFLTL QENLTI |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)