AT4G11050.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:extracellular 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : glycosyl hydrolase 9C3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
glycosyl hydrolase 9C3 (GH9C3); FUNCTIONS IN: carbohydrate binding, hydrolase activity, hydrolyzing O-glycosyl compounds, catalytic activity; INVOLVED IN: carbohydrate metabolic process; LOCATED IN: endomembrane system, extracellular region; EXPRESSED IN: 7 plant structures; EXPRESSED DURING: 4 anthesis, E expanded cotyledon stage, D bilateral stage; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Six-hairpin glycosidase (InterPro:IPR012341), Carbohydrate-binding (InterPro:IPR008965), Glycoside hydrolase, family 9, active site (InterPro:IPR018221), Six-hairpin glycosidase-like (InterPro:IPR008928), Glycoside hydrolase, family 9 (InterPro:IPR001701), Carbohydrate binding domain CBM49 (InterPro:IPR019028); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: glycosyl hydrolase 9C2 (TAIR:AT1G64390.1); Has 1895 Blast hits to 1880 proteins in 271 species: Archae - 2; Bacteria - 695; Metazoa - 181; Fungi - 19; Plants - 923; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 75 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr4:-:6747498..6751311 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 69348.90 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 9.01 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.38 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 626 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MGSRTTISIL VVLLLGLVQL AISGHDYKQA LSKSILFFEA QRSGHLPPNQ RVSWRSHSGL YDGKSSGVDL VGGYYDAGDN VKFGLPMAFT VTTMCWSIIE 101: YGGQLESNGE LGHAIDAVKW GTDYFIKAHP EPNVLYGEVG DGKSDHYCWQ RPEEMTTDRR AYKIDRNNPG SDLAGETAAA MAAASIVFRR SDPSYSAELL 201: RHAHQLFEFA DKYRGKYDSS ITVAQKYYRS VSGYNDELLW AAAWLYQATN DKYYLDYLGK NGDSMGGTGW SMTEFGWDVK YAGVQTLVAK VLMQGKGGEH 301: TAVFERYQQK AEQFMCSLLG KSTKNIKKTP GGLIFRQSWN NMQFVTSASF LATVYSDYLS YSKRDLLCSQ GNISPSQLLE FSKSQVDYIL GDNPRATSYM 401: VGYGENYPRQ VHHRGSSIVS FNVDQKFVTC RGGYATWFSR KGSDPNVLTG ALVGGPDAYD NFADQRDNYE QTEPATYNNA PLLGVLARLI SGSTGFDQLL 501: PGVSPTPSPV IIKPAPVPQR KPTKPPAASS PSPITISQKM TNSWKNEGKV YYRYSTILTN RSTKTLKILK ISITKLYGPI WGVTKTGNSF SFPSWMQSLP 601: SGKSMEFVYI HSASPADVLV SNYSLE |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)