AT4G11030.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:peroxisome 0.760 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : AMP-dependent synthetase and ligase family protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
AMP-dependent synthetase and ligase family protein; FUNCTIONS IN: catalytic activity; INVOLVED IN: fatty acid biosynthetic process; EXPRESSED IN: 7 plant structures; EXPRESSED DURING: LP.04 four leaves visible, 4 anthesis, petal differentiation and expansion stage; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: AMP-binding, conserved site (InterPro:IPR020845), AMP-dependent synthetase/ligase (InterPro:IPR000873); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: AMP-dependent synthetase and ligase family protein (TAIR:AT4G23850.1); Has 1807 Blast hits to 1807 proteins in 277 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 736; Fungi - 347; Plants - 385; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 339 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr4:+:6738120..6742229 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 74068.30 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 6.98 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.15 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 666 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MTSQKRFIFE VEAAKEATDG NPSVGPVYRS TFAQNGFPNP IDGIQSCWDI FRTAVEKYPN NRMLGRREIS NGKAGKYVWK TYKEVYDIVI KLGNSLRSCG 101: IKEGEKCGIY GINCCEWIIS MEACNAHGLY CVPLYDTLGA GAVEFIISHA EVSIAFVEEK KIPELFKTCP NSTKYMKTVV SFGGVKPEQK EEAEKLGLVI 201: HSWDEFLKLG EGKQYELPIK KPSDICTIMY TSGTTGDPKG VMISNESIVT ITTGVMHFLG NVNASLSEKD VYISYLPLAH VFDRAIEECI IQVGGSIGFW 301: RGDVKLLIED LGELKPSIFC AVPRVLDRVY TGLQQKLSGG GFFKKKVFDV AFSYKFGNMK KGQSHVAASP FCDKLVFNKV KQGLGGNVRI ILSGAAPLAS 401: HIESFLRVVA CCNVLQGYGL TESCAGTFAT FPDELDMLGT VGPPVPNVDI RLESVPEMNY DALGSTPRGE ICIRGKTLFS GYYKREDLTK EVFIDGWLHT 501: GDVGEWQPNG SMKIIDRKKN IFKLAQGEYV AVENLENVYS QVEVIESIWV YGNSFESFLV AIANPAQQTL ERWAVENGVN GDFNSICQNA KAKAFILGEL 601: VKTAKENKLK GFEIIKDVHL EPVAFDMERD LLTPTYKKKR PQLLKYYQNV IHEMYKTTKE SLASGQ |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)