AT4G10350.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 1.000 ASURE: nucleus What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : NAC domain containing protein 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
NAC domain protein. SMB, BRN1, and BRN2 act to regulate root cap maturation, in a partially redundant fashion.BRN1 and BRN2, control the cell wall maturation processes that are required to detach root cap layers from the root. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
NAC domain containing protein 70 (NAC070); CONTAINS InterPro DOMAIN/s: No apical meristem (NAM) protein (InterPro:IPR003441); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: NAC domain containing protein 15 (TAIR:AT1G33280.1); Has 2970 Blast hits to 2965 proteins in 75 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 0; Fungi - 0; Plants - 2970; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 0 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr4:-:6415287..6416829 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 38948.40 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 7.26 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.85 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 341 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MGSSSNGGVP PGFRFHPTDE ELLHYYLKKK ISYQKFEMEV IREVDLNKLE PWDLQERCKI GSTPQNEWYF FSHKDRKYPT GSRTNRATHA GFWKATGRDK 101: CIRNSYKKIG MRKTLVFYKG RAPHGQKTDW IMHEYRLEDA DDPQANPSED GWVVCRVFMK KNLFKVVNEG SSSINSLDQH NHDASNNNHA LQARSFMHRD 201: SPYQLVRNHG AMTFELNKPD LALHQYPPIF HKPPSLGFDY SSGLARDSES AASEGLQYQQ ACEPGLDVGT CETVASHNHQ QGLGEWAMMD RLVTCHMGNE 301: DSSRGITYED GNNNSSSVVQ PVPATNQLTL RSEMDFWGYS K |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)