AT4G10150.1
|
Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 0.973 What is SUBAcon? |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Experimental Localisations and PPI |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|
SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Description (TAIR10) | protein_coding : RING/U-box superfamily protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
RING/U-box superfamily protein; FUNCTIONS IN: zinc ion binding; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Zinc finger, RING-type (InterPro:IPR001841), Zinc finger, C3HC4 RING-type (InterPro:IPR018957); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: RING/U-box superfamily protein (TAIR:AT4G10160.1); Has 9409 Blast hits to 9387 proteins in 290 species: Archae - 0; Bacteria - 6; Metazoa - 2329; Fungi - 766; Plants - 4947; Viruses - 49; Other Eukaryotes - 1312 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Coordinates (TAIR10) | chr4:+:6328136..6329558 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 26163.50 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 4.31 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.36 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 236 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MSYSDPNQNP IPETYAPSNS TESEKLKLYQ AFIFSVPICF TFIVLFVLYV IYLRRNSTTN VDWSSLGMRG GTFVPTNNNL STAELGLSKD IREMLPVVIY 101: KESFIVKDSQ CSVCLGDYQA EEKLQQMPSC GHTFHMECID LWLTSHTTCP LCRLSLIPKP SLDLSHQSTE IVSSIENSNG GEASTQPDSQ SATEAISHTD 201: DVEEGNRDSQ EVSKETEEND RNSVGTSDGC CTCRLG |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| See Also |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)