AT4G08870.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:mitochondrion 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : Arginase/deacetylase superfamily protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Encodes one of the two arginase in the genome. Gene expression is enhanced by methyl jasmonate treatment. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
Arginase/deacetylase superfamily protein; FUNCTIONS IN: arginase activity, cobalt ion binding, agmatinase activity; INVOLVED IN: response to jasmonic acid stimulus, polyamine metabolic process; LOCATED IN: mitochondrion, chloroplast; EXPRESSED IN: sepal vascular system, cotyledon vascular system, root vascular system, style, leaf; EXPRESSED DURING: seedling growth; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Ureohydrolase (InterPro:IPR006035); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: arginase (TAIR:AT4G08900.1); Has 8845 Blast hits to 8843 proteins in 1673 species: Archae - 297; Bacteria - 4692; Metazoa - 410; Fungi - 370; Plants - 72; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 3004 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr4:-:5646654..5648693 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 37982.70 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 6.25 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.24 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 344 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MWKIGQRGVP YFQRLIAAPF TTLRSLPTSL VETGQNRVID ASLTLIRERA KLKGELVRLI GGAKATTALL GVPLGHNSSF LEGPALAPPH VREAIWCGST 101: NSTTEEGKEL KDPRVLSDVG DIPVQEIREM GVDDDRLMKV VSESVKLVME EEPLRPLVIG GDHSISYPVV RAVSEKLGGP VDILHLDAHP DIYDRFEGNY 201: YSHASSFARI MEGGYARRLL QVGIRSINKE GREQGKRFGV EQYEMRTFSK DRQMLENLKL GEGVKGVYIS IDVDCLDPGF AHGVSHFEPG GLSFRDVLNI 301: LHNLQGDLVG ADVVEYNPQR DTADDMTAMV AAKFVRELAA KMSK |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)