AT4G08560.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:cytosol 0.500 nucleus 0.500 ASURE: cytosol,nucleus What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : pumilio 15 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Encodes a member of the Arabidopsis Pumilio (APUM) proteins containing PUF domain (eight repeats of approximately 36 amino acids each). PUF proteins regulate both mRNA stability and translation through sequence-specific binding to the 3' UTR of target mRNA transcripts. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
pumilio 15 (PUM15); FUNCTIONS IN: RNA binding, binding; LOCATED IN: endomembrane system; EXPRESSED IN: sperm cell; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Pumilio RNA-binding repeat (InterPro:IPR001313), Armadillo-like helical (InterPro:IPR011989), Plant self-incompatibility S1 (InterPro:IPR010264), Armadillo-type fold (InterPro:IPR016024); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: pumilio 13 (TAIR:AT5G43090.1); Has 2363 Blast hits to 1592 proteins in 225 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 534; Fungi - 743; Plants - 651; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 435 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr4:+:5450434..5453183 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 55355.40 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 7.94 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | 0.01 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 477 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MKNLSIFMFV FSLCMFGHVS RARIRIANEL KFKKNLWMRC YSKDDVLGPH IIPIGGHFLD YFGTNFWGTT RFMCTLRQGP NYIHYQSFTA FKLFIVVVQV 101: FSNEQSERKS GGRTVSGSRG ISRSTDFVGA SQNLRPFVSL DDDAYGYMYG IRNTLLSRAK DGIESHMLQY VIAKGLKETI DKIFDNLISH VCELMLDYYG 201: HKVFRKLMEK CTDEQITRVL DIVLEEPFEF VRLCVHTHGT HAIQGLMRSL CSEEQISRFM ETLCYVSLLL TKDVIAHRVI LFCFNQFSPS HTRYLLEVIV 301: QNCYQVAIDQ NGCCMLKKLI RQSSRELRDP LIKEIISIAV RLCGNCYGTL TPKSLLVRNY VVQYLLRLKD YEVTSALSKH LDGNYVQLSY DKYGSHVVQK 401: CLESREFSSR RIIAELLSDI DSLLVDPYGD YVIQTAWIVS EVRDKHDDSE SFYVDFYQLI LWLVFCRIMC DMYCCSI |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)