AT4G08140.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:cytosol 0.919 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : | ||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
BEST Arabidopsis thaliana protein match is: 26S proteasome regulatory subunit S2 1A (TAIR:AT2G20580.1); Has 381 Blast hits to 381 proteins in 170 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 138; Fungi - 132; Plants - 58; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 53 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr4:+:5135673..5136140 | ||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 9756.05 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 10.32 | ||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.18 | ||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 84 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
1: MVQDPNPDLQ KAALESMRQE IRALTSSMTS VPKPLKFLRP QYVTLKAFHE TMADSNLKKY ISDILSVLAL TTLYRLHYFL ITRR | ||||||||||||||||||||||||||||||||
| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)