AT4G05520.2
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:cytosol 0.999 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : EPS15 homology domain 2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Encodes AtEHD2, one of the Arabidopsis Eps15 homology domain proteins involved in endocytosis (AtEHD1, At3g20290). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
EPS15 homology domain 2 (EHD2); FUNCTIONS IN: GTP binding, GTPase activity, calcium ion binding; INVOLVED IN: endocytosis; LOCATED IN: plasma membrane, microsome, membrane, cytoplasm; EXPRESSED IN: 22 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: EF-HAND 2 (InterPro:IPR018249), EPS15 homology (EH) (InterPro:IPR000261), Dynamin, GTPase domain (InterPro:IPR001401), EF-hand-like domain (InterPro:IPR011992), Calcium-binding EF-hand (InterPro:IPR002048); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: EPS15 homology domain 1 (TAIR:AT3G20290.2); Has 35333 Blast hits to 34131 proteins in 2444 species: Archae - 798; Bacteria - 22429; Metazoa - 974; Fungi - 991; Plants - 531; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 9610 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr4:+:2804522..2807833 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 61287.10 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 7.27 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.32 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 545 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: METSSTISIG SCLKEHQKIY KEWFNIADSD GDGRVSGNDA TKFFAMSKLS RQELKQVWAV ADSKRQGFLG LSEFITAMKL VSLAQEGHEI TSDLLKGSID 101: MKSVELPVLE GLENVVSKQK VSKTNVDVED NVTKPQVTAK TPWFKSKSII KPQVNVVTIV DGLKRLYTEK LKPLEVTYRF NDFASPVLTS SDFDAKPMVM 201: LLGQYSTGKT TFIKHLLGCD YPGAHIGPEP TTDRFVVAMS GPDERTIPGN TMAVQADMPF NGLTSFGGAF LSKFECSQMP HPVLDQITLV DTPGVLSGEK 301: QRMQRSYDFT GVISWFASKC DMILLLFDPH KLDISDEFKR VITSLRGNED KIRVVLNKAD QVDTQQLMRV YGALMWSLGK VLNTPEVVRV YIGSFNDKPI 401: NEVAVGPIGK ELFEKEQNDL LADLMDVPKK ACDRKINEFV KRARSAKINA YIMSHLKKEM PAMMGKSKAQ QRLMDNLEEE FGKVQREFHL PAGDFPSVEH 501: FREVLGGYNI DKFEKLKPKM IQAVDDMLGY DIPDLLKKFR NPYDN |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)