AT4G04090.1
|
Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:plasma membrane 0.595 What is SUBAcon? |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Experimental Localisations and PPI |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|
SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Description (TAIR10) | protein_coding : BTB/POZ domain-containing protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
BTB/POZ domain-containing protein; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: BTB/POZ (InterPro:IPR013069), BTB/POZ fold (InterPro:IPR011333), Kelch related (InterPro:IPR013089), BTB/POZ-like (InterPro:IPR000210); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: BTB/POZ domain-containing protein (TAIR:AT2G40450.1); Has 1656 Blast hits to 1653 proteins in 96 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 1061; Fungi - 0; Plants - 524; Viruses - 5; Other Eukaryotes - 66 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Coordinates (TAIR10) | chr4:+:1964980..1965650 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 21843.30 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 8.65 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.28 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 192 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MGTQTNKGFF YDEFLKVLKE QQVDVRLMAR DSEKDAAISA HKRILSARSE VFEEMFESDK YKASSKLETI TLSEMKHEVL EAFVDFTYSD GSMLSEKAKQ 101: HAMSLYSAAK DYEIPRLWCL CRKELIASLN MSNALRVLQL AQIPYDESLS VAAFTTIKNS KLKLSSSTKV KVFVVNHPNG PLEITRAIFP RN |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| See Also |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)