AT4G03350.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 0.998 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : ubiquitin family protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
ubiquitin family protein; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Ubiquitin (InterPro:IPR000626), Ubiquitin supergroup (InterPro:IPR019955); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: 7SL RNA1 (TAIR:AT4G02970.1); Has 8392 Blast hits to 3833 proteins in 622 species: Archae - 0; Bacteria - 4; Metazoa - 3676; Fungi - 1041; Plants - 2216; Viruses - 160; Other Eukaryotes - 1295 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr4:-:1473718..1474509 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 29792.20 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 4.76 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.62 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 263 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MNVDIDTETG SSFSITIDFG ETVLQIKEKI EKSQGIPVSK QILYLDGKAL EDDLHKIDYM ILFESLLLRI SPDADPNQSN EQTEQSKQID DKKQEFCGIQ 101: DSSESKKLTR VMARRVHNVY SSLPAYSLDE LLGPKYSATV TVGGRTNQVV QTTEQASTSG TAKEVLRDSD SPVEKKIKTN PMKFTVHVKP YQEDTKMIQV 201: EVNADDNVEE LRKELVKMQE RGELNLPHEA FHLVSSELPL IETKSFKWNR VADGDTIELI REK |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)