AT4G02890.3
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:cytosol 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : Ubiquitin family protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Polyubiquitin gene containing 4 ubiquitin repeats. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
UBQ14; INVOLVED IN: protein modification process, ubiquitin-dependent protein catabolic process; LOCATED IN: vacuole; EXPRESSED IN: 24 plant structures; EXPRESSED DURING: 15 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Ubiquitin subgroup (InterPro:IPR019956), Ubiquitin conserved site (InterPro:IPR019954), Ubiquitin (InterPro:IPR000626), Ubiquitin supergroup (InterPro:IPR019955); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: polyubiquitin 10 (TAIR:AT4G05320.6); Has 26633 Blast hits to 7217 proteins in 726 species: Archae - 0; Bacteria - 80; Metazoa - 12516; Fungi - 3023; Plants - 5428; Viruses - 651; Other Eukaryotes - 4935 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr4:-:1278747..1279664 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 34194.40 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 7.82 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.43 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 305 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MQIFVKTLTG KTITLEVESS DTIDNVKAKI QDKEGIPPDQ QRLIFAGKQL EDGRTLADYN IQKESTLHLV LRLRGGMQIF VKTLTGKTIT LEVESSDTID 101: NVKAKIQDKE GIPPDQQRLI FAGKQLEDGR TLADYNIQKE STLHLVLRLR GGMQIFVKTL TGKTITLEVE SSDTIDNVKA KIQDKEGIPP DQQRLIFAGK 201: QLEDGRTLAD YNIQKESTLH LVLRLRGGMQ IFVKTLTGKT ITLEVESSDT IDNVKAKIQD KEGIPPDQQR LIFAGKQLED GRTLADYNIQ KESTLHLVLR 301: LRGGF |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)