AT4G02780.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:plastid 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : Terpenoid cyclases/Protein prenyltransferases superfamily protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Catalyzes the conversion of geranylgeranyl pyrophosphate (GGPP) to copalyl pyrophosphate (CPP) of gibberellin biosynthesis | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
GA REQUIRING 1 (GA1); CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Terpene synthase, metal-binding domain (InterPro:IPR005630), Terpenoid synthase (InterPro:IPR008949), Terpenoid cylases/protein prenyltransferase alpha-alpha toroid (InterPro:IPR008930), Terpene synthase-like (InterPro:IPR001906); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: Terpenoid cyclases/Protein prenyltransferases superfamily protein (TAIR:AT1G79460.1); Has 1979 Blast hits to 1971 proteins in 256 species: Archae - 0; Bacteria - 97; Metazoa - 0; Fungi - 61; Plants - 1817; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 4 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr4:-:1237881..1244766 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 93018.50 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 6.20 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.38 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 802 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MSLQYHVLNS IPSTTFLSST KTTISSSFLT ISGSPLNVAR DKSRSGSIHC SKLRTQEYIN SQEVQHDLPL IHEWQQLQGE DAPQISVGSN SNAFKEAVKS 101: VKTILRNLTD GEITISAYDT AWVALIDAGD KTPAFPSAVK WIAENQLSDG SWGDAYLFSY HDRLINTLAC VVALRSWNLF PHQCNKGITF FRENIGKLED 201: ENDEHMPIGF EVAFPSLLEI ARGINIDVPY DSPVLKDIYA KKELKLTRIP KEIMHKIPTT LLHSLEGMRD LDWEKLLKLQ SQDGSFLFSP SSTAFAFMQT 301: RDSNCLEYLR NAVKRFNGGV PNVFPVDLFE HIWIVDRLQR LGISRYFEEE IKECLDYVHR YWTDNGICWA RCSHVQDIDD TAMAFRLLRQ HGYQVSADVF 401: KNFEKEGEFF CFVGQSNQAV TGMFNLYRAS QLAFPREEIL KNAKEFSYNY LLEKREREEL IDKWIIMKDL PGEIGFALEI PWYASLPRVE TRFYIDQYGG 501: ENDVWIGKTL YRMPYVNNNG YLELAKQDYN NCQAQHQLEW DIFQKWYEEN RLSEWGVRRS ELLECYYLAA ATIFESERSH ERMVWAKSSV LVKAISSSFG 601: ESSDSRRSFS DQFHEYIANA RRSDHHFNDR NMRLDRPGSV QASRLAGVLI GTLNQMSFDL FMSHGRDVNN LLYLSWGDWM EKWKLYGDEG EGELMVKMII 701: LMKNNDLTNF FTHTHFVRLA EIINRICLPR QYLKARRNDE KEKTIKSMEK EMGKMVELAL SESDTFRDVS ITFLDVAKAF YYFALCGDHL QTHISKVLFQ 801: KV |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)