AT4G02650.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:cytosol 0.834 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : ENTH/ANTH/VHS superfamily protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
ENTH/ANTH/VHS superfamily protein; FUNCTIONS IN: phospholipid binding, clathrin binding, binding, phosphatidylinositol binding; INVOLVED IN: clathrin coat assembly; LOCATED IN: clathrin coat; EXPRESSED IN: male gametophyte, pollen tube; EXPRESSED DURING: L mature pollen stage, M germinated pollen stage; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Epsin-like, N-terminal (InterPro:IPR013809), ANTH (InterPro:IPR011417), ENTH/VHS (InterPro:IPR008942), Clathrin adaptor, phosphoinositide-binding, GAT-like (InterPro:IPR014712); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: ENTH/ANTH/VHS superfamily protein (TAIR:AT1G03050.1); Has 1450 Blast hits to 1384 proteins in 224 species: Archae - 6; Bacteria - 69; Metazoa - 513; Fungi - 180; Plants - 407; Viruses - 6; Other Eukaryotes - 269 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr4:+:1156539..1158543 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 68237.10 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 4.97 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.59 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 611 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MGSSKLKRAI GAVKDQTSVG LAKVGGRSSS LTELEIAVVK ATRHDDYPAE DKYIREILCL TSYSRNYVSA CVATLSRRLN KTKNWSVALK TLILIQRLLT 101: DGDRAYEQEI FFATRRGTRL LNMSDFRDAS QSDSWDYSAF VRTYALYLDE RLDYRMQGRR GKKKSGGGGG GDGDSGEEDD HRGTSNDIRS KAIVVKSKPV 201: AEMKTEKIFN RVQHLQQLLD RFLACRPTGN AKNNRVVIVA MYPIVKESFQ LYYNITEIMG VLIERFMELD IHDSIKVYEI FCRVSKQFDE LDPFYGWCKN 301: MAVARSSEYP ELEKITQKKL DLMDEFIRDK SALAAQTTKS SSKRSNKSEE EESKTEYIQE NQEDLNSIKA LPAPEQKEEE EEEEKMETKK DVEEVVSRQD 401: QEGDLLDLTD EAGVTAGTVG DSLALALFDG VVGTESASGP GWEAFNDNSA DWETDLVRSA TRLSGQKSEL GGGFDTLLLD GMYQYGAVNA AVKTSTAYGS 501: SGSASSVAFG SAGSPAASML ALPAPPPTAN GNRNSPVMVD PFAASLEVAP PAYVQMNDME KKQRLLMEEQ IMWDQYNRSG RQGHMNFGQN QQQQYYQLPY 601: SMGPYSYTPR Y |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)