AT4G02460.1
|
Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 1.000 What is SUBAcon? |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Experimental Localisations and PPI |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|
SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Description (TAIR10) | protein_coding : DNA mismatch repair protein, putative | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Encodes a protein similar to PMS1 in yeast, a member of the family of eukaryotic MutL homologs. The protein appears to play a role in DNA mismatch repair and in the suppression of somatic homeologous recombination. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
POSTMEIOTIC SEGREGATION 1 (PMS1); FUNCTIONS IN: mismatched DNA binding, ATP binding; INVOLVED IN: mismatch repair, fruit development, seed development, DNA recombination, pollen development; LOCATED IN: nucleus; EXPRESSED IN: 17 plant structures; EXPRESSED DURING: 9 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: DNA mismatch repair, conserved site (InterPro:IPR014762), ATPase-like, ATP-binding domain (InterPro:IPR003594), DNA mismatch repair protein, C-terminal (InterPro:IPR013507), MutL, C-terminal, dimerisation (InterPro:IPR014790), DNA mismatch repair protein, N-terminal (InterPro:IPR014763), Ribosomal protein S5 domain 2-type fold (InterPro:IPR020568), DNA mismatch repair protein (InterPro:IPR002099), Post Meiotic Segregation 2 (InterPro:IPR015434), Ribosomal protein S5 domain 2-type fold, subgroup (InterPro:IPR014721); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: MUTL-homologue 1 (TAIR:AT4G09140.1); Has 10471 Blast hits to 7086 proteins in 2377 species: Archae - 138; Bacteria - 7516; Metazoa - 568; Fungi - 666; Plants - 148; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 1435 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Coordinates (TAIR10) | chr4:-:1076306..1080510 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 102690.00 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 6.57 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.47 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 923 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MQGDSSPSPT TTSSPLIRPI NRNVIHRICS GQVILDLSSA VKELVENSLD AGATSIEINL RDYGEDYFQV IDNGCGISPT NFKVLALKHH TSKLEDFTDL 101: LNLTTYGFRG EALSSLCALG NLTVETRTKN EPVATLLTFD HSGLLTAEKK TARQIGTTVT VRKLFSNLPV RSKEFKRNIR KEYGKLVSLL NAYALIAKGV 201: RFVCSNTTGK NPKSVVLNTQ GRGSLKDNII TVFGISTFTS LQPVSICVSE DCRVEGFLSK PGQGTGRNLA DRQYFFINGR PVDMPKVSKL VNELYKDTSS 301: RKYPVTILDF IVPGGACDLN VTPDKRKVFF SDETSVIGSL REGLNEIYSS SNASYIVNRF EENSEQPDKA GVSSFQKKSN LLSEGIVLDV SSKTRLGEAI 401: EKENPSLREV EIDNSSPMEK FKFEIKACGT KKGEGSLSVH DVTHLDKTPS KGLPQLNVTE KVTDASKDLS SRSSFAQSTL NTFVTMGKRK HENISTILSE 501: TPVLRNQTSS YRVEKSKFEV RALASRCLVE GDQLDDMVIS KEDMTPSERD SELGNRISPG TQADNVERHE REHEKPIRFE EPTSDNTLTK GDVERVSEDN 601: PRCSQPLRSV ATVLDSPAQS TGPKMFSTLE FSFQNLRTRR LERLSRLQST GYVSKCMNTP QPKKCFAAAT LELSQPDDEE RKARALAAAT SELERLFRKE 701: DFRRMQVLGQ FNLGFIIAKL ERDLFIVDQH AADEKFNFEH LARSTVLNQQ PLLQPLNLEL SPEEEVTVLM HMDIIRENGF LLEENPSAPP GKHFRLRAIP 801: YSKNITFGVE DLKDLISTLG DNHGECSVAS SYKTSKTDSI CPSRVRAMLA SRACRSSVMI GDPLRKNEMQ KIVEHLADLE SPWNCPHGRP TMRHLVDLTT 901: LLTLPDDDNV NDDDDDDATI SLA |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| See Also |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)