AT4G01820.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:plasma membrane 0.867 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : P-glycoprotein 3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
member of MDR subfamily | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
P-glycoprotein 3 (PGP3); FUNCTIONS IN: ATPase activity, coupled to transmembrane movement of substances; INVOLVED IN: transport, transmembrane transport; LOCATED IN: integral to membrane; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: ATPase, AAA+ type, core (InterPro:IPR003593), ABC transporter-like (InterPro:IPR003439), ABC transporter, transmembrane domain, type 1 (InterPro:IPR011527), ABC transporter integral membrane type 1 (InterPro:IPR017940), ABC transporter, transmembrane domain (InterPro:IPR001140), ABC transporter, conserved site (InterPro:IPR017871); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: P-glycoprotein 5 (TAIR:AT4G01830.1); Has 830190 Blast hits to 386538 proteins in 4151 species: Archae - 14649; Bacteria - 648558; Metazoa - 17709; Fungi - 12207; Plants - 9512; Viruses - 34; Other Eukaryotes - 127521 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr4:-:780734..785329 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 133242.00 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 8.18 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | 0.23 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 1229 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
0001: MEEKTKTVPF YKLFSFSDST DVLLMIVGSI GAIGNGVGFP LMTLLFGDLI DSIGQNQSNK DIVEIVSKVC LKFVYLGLGT LGAAFLQVAC WMITGERQAA 0101: RIRSLYLKTI LRQDIGFFDV ETSTGEVVGR MSGDTVLILE AMGEKVGKFI QLIATFVGGF VLAFVKGWLL TLVMLVSIPL LAIAGAAMPI IVTRASSREQ 0201: AAYAKASTVV EQTLGSIRTV ASFTGEKQAM KSYREFINLA YRASVKQGFS MGLGLGVVFF VFFCSYALAI WFGGEMILKK GYTGGEVVNV MVTVVASSMS 0301: LGQTTPCLTA FAAGKAAAYK MFETIERKPS IDAFDLNGKV LEDIRGEIEL RDVCFSYPAR PMEEVFGGFS LLIPSGATAA LVGESGSGKS SVISLIERFY 0401: DPSSGSVLID GVNLKEFQLK WIRGKIGLVS QEPVLFSSSI MENIGYGKEN ATVEEIQAAA KLANAANFID KLPRGLETLV GEHGTQLSGG QKQRIAIARA 0501: ILKDPRILLL DEATSALDAE SERVVQEALD RVMMSRTTVI VAHRLSTVRN ADMIAVIHRG KIVEEGSHSE LLKDHEGAYA QLIRLQKIKK EPKRLESSNE 0601: LRDRSINRGS SRNIRTRVHD DDSVSVLGLL GRQENTEISR EQSRNVSITR IAALNKPETT ILILGTLLGA VNGTIFPIFG ILFAKVIEAF FKPPHDMKRD 0701: SRFWSMIFVL LGVASLIVYP MHTYLFAVAG GRLIQRIRVM CFEKVVHMEV GWFDDPENSS GTIGSRLSAD AALIKTLVGD SLSLSVKNAA AAVSGLIIAF 0801: TASWKLAVII LVMIPLIGIN GYLQIKFIKG FTADAKAKYE EASQVANDAV GSIRTVASFC AEEKVMEMYK KRCEDTIKSG IKQGLISGVG FGISFFVLYS 0901: VYASCFYVGA RLVKAGRTNF NDVFQVFLAL TMTAIGISQA SSFAPDSSKA KGAAASIFGI IDGKSMIDSR DESGLVLENV KGDIELCHIS FTYQTRPDVQ 1001: IFRDLCFAIR AGQTVALVGE SGSGKSTVIS LLQRFYDPDS GHITLDRVEL KKLQLKWVRQ QMGLVGQEPV LFNDTIRSNI AYGKGGDEAS EAEIIAAAEL 1101: ANAHGFISSI QQGYDTVVGE RGIQLSGGQK QRVAIARAIV KEPKILLLDE ATSALDAESE RVVQDALDRV MVNRTTVVVA HRLSTIKNAD VIAVVKNGVI 1201: VEKGTHETLI NIEGGVYASL VQLHISASS |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)