AT4G01470.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:vacuole 1.000 ASURE: vacuole What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : tonoplast intrinsic protein 1;3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Encodes AtTIP1;3, functions as water and urea channels in pollen. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
tonoplast intrinsic protein 1;3 (TIP1;3); FUNCTIONS IN: water channel activity, urea transmembrane transporter activity; INVOLVED IN: transport, urea transport, water transport; LOCATED IN: integral to membrane, membrane; EXPRESSED IN: 10 plant structures; EXPRESSED DURING: L mature pollen stage, M germinated pollen stage, 4 anthesis, petal differentiation and expansion stage; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Major intrinsic protein, conserved site (InterPro:IPR022357), Aquaporin (InterPro:IPR012269), Major intrinsic protein (InterPro:IPR000425); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: gamma tonoplast intrinsic protein (TAIR:AT2G36830.1); Has 10761 Blast hits to 10728 proteins in 2135 species: Archae - 83; Bacteria - 5069; Metazoa - 1488; Fungi - 435; Plants - 2488; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 1198 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr4:-:625092..625850 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 25915.60 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 5.51 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | 0.83 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 252 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MPINRIAIGT PGEASRPDAI RAAFAEFFSM VIFVFAGQGS GMAYGKLTGD GPATPAGLVA ASLSHAFALF VAVSVGANVS GGHVNPAVTF GAFIGGNITL 101: LRAILYWIAQ LLGAVVACLL LKVSTGGMET AAFSLSYGVT PWNAVVFEIV MTFGLVYTVY ATAVDPKKGD IGIIAPLAIG LIVGANILVG GAFDGASMNP 201: AVSFGPAVVS WIWTNHWVYW VGPFIGAAIA AIVYDTIFIG SNGHEPLPSN DF |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)