AT4G01160.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:cytosol 0.661 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : BTB/POZ/Kelch-associated protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
BTB/POZ/Kelch-associated protein; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: BTB/POZ (InterPro:IPR013069), BTB/Kelch-associated (InterPro:IPR011705), BTB/POZ fold (InterPro:IPR011333), Kelch related (InterPro:IPR013089), BTB/POZ-like (InterPro:IPR000210); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: POZ/BTB containin G-protein 1 (TAIR:AT3G61600.2); Has 3481 Blast hits to 3463 proteins in 124 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 3173; Fungi - 4; Plants - 136; Viruses - 49; Other Eukaryotes - 119 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr4:-:494976..497006 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 56826.80 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 7.50 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.05 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 505 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MDLSLSGGDF RFAFNNVNFS DRLLRIEITQ SSGEGEVICS SIVDWARDRK RRREDIVNEN SNNKTQVLVT AAEQEPKSGG EDENERLTNN NTSVLSVQEL 101: HISSAILAAK SPFFYKLFSN GMLESEQKQM TLKIDASEET AVMELLKFMY SNSLSVTASS ALLDVLMVAD KFEVASCMKY CSQLLLKMPM TLESSLLLLD 201: LPSSLLMADS VKPLTNAARQ FIASRYKNMS KITMEELMAL PLVGIEAILA SDGLEIQSED VVYEVVLKWV KSHYSVLEAR QEVLGSHLAR YIRFPHMTTD 301: RLKKILTSND FRPSVASKLV VEALFFKTES LAHQHVLLAH EQPASTSRRF AKRAYVHRPI KIVEFAVPRP QCIIYLDLKR KECESIYPSS RISSQQFTLG 401: GQGFFLSAQC NMDHLCLIHC FGLFIGMQEN GSASASVTVD YDFSVRSKPT MEFVGKFKGI YTFTRGKAVG CRNLLGIPWD IFTAKNCPYF INDVLHLRAD 501: LSIRL |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)