AT4G00315.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 0.792 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : F-box/RNI-like/FBD-like domains-containing protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
F-box/RNI-like/FBD-like domains-containing protein; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: F-box domain, cyclin-like (InterPro:IPR001810), FBD (InterPro:IPR013596), F-box domain, Skp2-like (InterPro:IPR022364), FBD-like (InterPro:IPR006566), Leucine-rich repeat 2 (InterPro:IPR013101); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: FBD, F-box and Leucine Rich Repeat domains containing protein (TAIR:AT1G55660.1); Has 2332 Blast hits to 2280 proteins in 33 species: Archae - 0; Bacteria - 2; Metazoa - 5; Fungi - 4; Plants - 2320; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 1 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr4:+:137404..138888 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 50953.80 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 6.32 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.19 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 441 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MDKTSQLPDE LLVKVLSFLP TKDAVRTSLL SMRWKSLWMW LPKLEYDFRH YSVSEGQGLA RFITLSLLGH KAPAIESLSL KLRYGAIGSI KPEDIYLWVS 101: LAVHDSNVRE LSLKLCTFAE RPTKLPKSLY KCKSIVILKL KDEILVDVPR KVCLPSLKTL FLGRVTYSDE DSLHRLLSNC PVLEDLVVER DRIDNLGKLS 201: VVVKSLQRLT LKMSCPCHLD GIMMNTPSLK YLKVTDERQE SDSDNESDSD SPRYFYDFED MPKLEEADFV LTFQNIKKFF KFVTSIKRLS LCLGVYTEES 301: LYHEGLVFNQ LEQLKICSCD SDWSILLSRL LESSPNLREL EAYVIEDHPD RRVDLPNQWG NQLNCVPKCL LSSLETFKWS EMYGLLQNQM DVAKYILRNA 401: RCLKSATIFF PTTYAKETRD EMIEELSLSF QGPETCQVFF H |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)