AT4G00190.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:extracellular 1.000 ASURE: extracellular What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : pectin methylesterase 38 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
pectin methylesterase 38 (PME38); FUNCTIONS IN: enzyme inhibitor activity, pectinesterase activity; INVOLVED IN: cell wall modification; LOCATED IN: cell wall, plant-type cell wall; EXPRESSED IN: flower, synergid; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Pectinesterase, active site (InterPro:IPR018040), Pectin lyase fold/virulence factor (InterPro:IPR011050), Pectinesterase, catalytic (InterPro:IPR000070), Pectinesterase inhibitor (InterPro:IPR006501), Pectin lyase fold (InterPro:IPR012334); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: Plant invertase/pectin methylesterase inhibitor superfamily (TAIR:AT2G45220.1); Has 2963 Blast hits to 2921 proteins in 467 species: Archae - 10; Bacteria - 871; Metazoa - 1; Fungi - 198; Plants - 1837; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 46 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr4:-:80433..82040 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 52420.00 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 6.07 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.31 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 474 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MVFGNEMCDE TPHPGECKTL LIKHKPIRST TQFLQVSVER TLDGAVKAKS DTYFLEPQFG SKQAWEECMD LYEQTIHRLN ESVLCPKNVC SRSDVQAWLS 101: TALTNLDTCQ EEMSELGVSS HSLESITIDV INTLAINKRM EQNGKEFGIS KITMKTLSIG EKVDVVVAQD GSGDYKTIQE AVNGAGERLK GSPRYVIHVK 201: QGVYEEYVNV GIKSNNIMIT GDGIGKTIIT GDKSKGRGFS TYKSATFVAE GDGFVGRDIT IRNTAGPENH QAVALRSNSD MSVFYRCSIE GYQDTLYVHS 301: GRQFFRECDI YGTVDFIFGN AAAVLQNCRI FARNPPNGVN TITAQSRFNP NQTTGIVIHN SVVKGAPGVQ LGGVKTYLGR PWRSYARTVV IGTYLDTLIE 401: PNGWIDWDNV TALSTLYYGE YQNSGPGSGT ENRVDWAGFH VISDIQEARE FTLPKFIDSA SWLPPTKVPF TINL |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)