AT3G62870.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:cytosol 1.000 ASURE: cytosol What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : Ribosomal protein L7Ae/L30e/S12e/Gadd45 family protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
Ribosomal protein L7Ae/L30e/S12e/Gadd45 family protein; FUNCTIONS IN: structural constituent of ribosome; INVOLVED IN: translation; LOCATED IN: cytosolic ribosome, cytosolic large ribosomal subunit, plasma membrane, membrane; EXPRESSED IN: 25 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Ribosomal protein L7A/L8 (InterPro:IPR001921), Ribosomal protein L7Ae/L8/Nhp2 family (InterPro:IPR018492), Ribosomal protein L7Ae/L30e/S12e/Gadd45 (InterPro:IPR004038), Ribosomal protein L7Ae conserved site (InterPro:IPR004037); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: Ribosomal protein L7Ae/L30e/S12e/Gadd45 family protein (TAIR:AT2G47610.1); Has 2083 Blast hits to 2081 proteins in 414 species: Archae - 338; Bacteria - 1; Metazoa - 718; Fungi - 357; Plants - 268; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 401 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr3:-:23242862..23244273 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 29036.10 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 10.87 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.57 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 256 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MAPKKGVKVA SKKKPEKVTN PLFERRPKQF GIGGALPPKK DLSRYIKWPK SIRLQRQKRI LKQRLKVPPA LNQFTKTLDK NLATSLFKIL LKYRPEDKAA 101: KKERLLNKAQ AEAEGKPAES KKPIVVKYGL NHVTYLIEQN KAQLVVIAHD VDPIELVVWL PALCRKMEVP YCIVKGKSRL GAVVHQKTAA ALCLTTVKNE 201: DKLEFSKILE AIKANFNDKY EEYRKKWGGG IMGSKSQAKT KAKERVIAKE AAQRMN |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)