AT3G62840.2
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 0.989 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : Small nuclear ribonucleoprotein family protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
Small nuclear ribonucleoprotein family protein; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Like-Sm ribonucleoprotein (LSM) domain (InterPro:IPR001163), Like-Sm ribonucleoprotein (LSM) domain, eukaryotic/archaea-type (InterPro:IPR006649), Like-Sm ribonucleoprotein (LSM)-related domain (InterPro:IPR010920); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: Small nuclear ribonucleoprotein family protein (TAIR:AT2G47640.3); Has 794 Blast hits to 794 proteins in 230 species: Archae - 2; Bacteria - 0; Metazoa - 329; Fungi - 181; Plants - 143; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 139 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr3:-:23235727..23236615 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 12507.40 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 10.70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.66 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 108 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MSKPMEEDTN GKTEEEEFNT GPLSVLMMSV KNNTQVLINC RNNRKLLGRV RAFDRHCNMV LENVREMWTE VPKTGKGKKK ALPVNRDRFI SKMFLRGDSV 101: IIVLRNPK |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)