AT3G62830.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:golgi 1.000 ASURE: golgi What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : NAD(P)-binding Rossmann-fold superfamily protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
encodes an isoform of UDP-glucuronic acid decarboxylase, which is predicted to be membrane-bound by PSORT. This enzyme produces UDP-xylose, which is a substrate for many cell wall carbohydrates including hemicellulose and pectin. UDP-xylose is also known to feedback regulate several cell wall biosynthetic enzymes. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
AUD1; FUNCTIONS IN: UDP-glucuronate decarboxylase activity, dTDP-glucose 4,6-dehydratase activity, catalytic activity; INVOLVED IN: dTDP-rhamnose biosynthetic process, nucleotide-sugar metabolic process, D-xylose metabolic process; LOCATED IN: plasma membrane, Golgi membrane, membrane; EXPRESSED IN: guard cell, cultured cell; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: NAD-dependent epimerase/dehydratase (InterPro:IPR001509), NAD(P)-binding domain (InterPro:IPR016040); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: UDP-xylose synthase 4 (TAIR:AT2G47650.1); Has 44607 Blast hits to 44567 proteins in 3006 species: Archae - 852; Bacteria - 26090; Metazoa - 741; Fungi - 328; Plants - 1343; Viruses - 47; Other Eukaryotes - 15206 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr3:+:23232539..23235353 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 49974.30 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 9.53 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.33 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 445 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MASELINRRH ETDQPTADAY YPKPIKPWFT VTRPMRYMLR EQRLIFVLVG IAIATLVFTI FPRSTQSTPY SDPFSGYGIR PDESYVPAIQ AQRKPSLEYL 101: NRIGATGGKI PLGLKRKGLR VVVTGGAGFV GSHLVDRLMA RGDTVIVVDN FFTGRKENVM HHFSNPNFEM IRHDVVEPIL LEVDQIYHLA CPASPVHYKF 201: NPVKTIKTNV VGTLNMLGLA KRVGARFLLT STSEVYGDPL QHPQVETYWG NVNPIGVRSC YDEGKRTAET LTMDYHRGAN VEVRIARIFN TYGPRMCIDD 301: GRVVSNFVAQ ALRKEPLTVY GDGKQTRSFQ FVSDLVEGLM RLMEGEHVGP FNLGNPGEFT MLELAKVVQE TIDPNANIEF RPNTEDDPHK RKPDITKAKE 401: LLGWEPKVSL RQGLPLMVKD FRQRVFGDQK EGSSAAATTT KTTSA |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)