AT3G62670.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 1.000 ASURE: nucleus What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : response regulator 20 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
member of Response Regulator: B- Type | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
response regulator 20 (RR20); CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Response regulator, plant B-type (InterPro:IPR017053), Myb-like DNA-binding domain, SHAQKYF class (InterPro:IPR006447), CheY-like (InterPro:IPR011006), Homeodomain-like (InterPro:IPR009057), Myb, DNA-binding (InterPro:IPR014778), Signal transduction response regulator, receiver domain (InterPro:IPR001789), HTH transcriptional regulator, Myb-type, DNA-binding (InterPro:IPR017930), Homeodomain-related (InterPro:IPR012287); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: response regulator 1 (TAIR:AT3G16857.1); Has 42655 Blast hits to 42546 proteins in 2672 species: Archae - 190; Bacteria - 36376; Metazoa - 10; Fungi - 129; Plants - 2482; Viruses - 1; Other Eukaryotes - 3467 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr3:-:23176556..23177922 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 40187.50 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 6.05 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.68 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 352 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MAFLMKNKHE IDLVIWDFHM PDINGLDALN IIGKQMDLPV VIMSHEYKKE TVMESIKYGA CDFLVKPVSK EVIAVLWRHV YRKRMSKSGL DKPGESGTVE 101: SDPDEYDDLE QDNLYESNEE GSKNTCDHKE EKSPTKKPRM QWTPELHHKF EVAVEKMGSL EKAFPKTILK YMQEELNVQG LTRNNVASHL QKYRQSSKKT 201: CTPQEPQEDF VWGNAGPDVT LAASKTLLSS HATPSYLINN QAAPRGSYFM NNIPYPSTSC LPVNNNNCFM TNPSTYIDQF QHQLQQQQQH QQYQSTLNSI 301: SAMLTKQESR HVPSSAMENS EPLMIYNSNL PFGIDECFPP AGFNIFDQIG HN |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)