AT3G62420.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 1.000 ASURE: nucleus What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : basic region/leucine zipper motif 53 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Encodes a group-S bZIP transcription factor. Forms heterodimers with group-C bZIP transcription factors. The heterodimers bind to the ACTCAT cis-element of proline dehydrogenase gene. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
basic region/leucine zipper motif 53 (BZIP53); FUNCTIONS IN: sequence-specific DNA binding, DNA binding, protein heterodimerization activity, sequence-specific DNA binding transcription factor activity; INVOLVED IN: regulation of transcription, DNA-dependent; EXPRESSED IN: male gametophyte, pollen tube; EXPRESSED DURING: L mature pollen stage, M germinated pollen stage; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Basic-leucine zipper (bZIP) transcription factor (InterPro:IPR004827), bZIP transcription factor, bZIP-1 (InterPro:IPR011616); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: basic leucine-zipper 44 (TAIR:AT1G75390.1); Has 1452 Blast hits to 1450 proteins in 90 species: Archae - 2; Bacteria - 4; Metazoa - 13; Fungi - 3; Plants - 1410; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 20 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr3:-:23091844..23092284 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 16806.00 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 5.07 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.90 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 146 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MGSLQMQTSP ESDNDPRYAT VTDERKRKRM ISNRESARRS RMRKQKQLGD LINEVTLLKN DNAKITEQVD EASKKYIEME SKNNVLRAQA SELTDRLRSL 101: NSVLEMVEEI SGQALDIPEI PESMQNPWQM PCPMQPIRAS ADMFDC |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)