AT3G61470.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:plastid 1.000 ASURE: plastid What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : photosystem I light harvesting complex gene 2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Encodes a component of the light harvesting antenna complex of photosystem I. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
photosystem I light harvesting complex gene 2 (LHCA2); FUNCTIONS IN: chlorophyll binding; INVOLVED IN: photosynthesis, light harvesting in photosystem I, photosynthesis; LOCATED IN: in 6 components; EXPRESSED IN: leaf; EXPRESSED DURING: seedling growth; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Chlorophyll A-B binding protein (InterPro:IPR001344); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: photosystem I light harvesting complex gene 6 (TAIR:AT1G19150.1); Has 30201 Blast hits to 17322 proteins in 780 species: Archae - 12; Bacteria - 1396; Metazoa - 17338; Fungi - 3422; Plants - 5037; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 2996 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr3:+:22745736..22747032 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 27756.30 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 7.57 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.00 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 257 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MASSLCASSA IAAISSPSFL GGKKLRLKKK LTVPAVSRPD ASVRAVAADP DRPIWFPGST PPEWLDGSLP GDFGFDPLGL SSDPDSLKWN VQAEIVHCRW 101: AMLGAAGIFI PEFLTKIGIL NTPSWYTAGE QEYFTDKTTL FVVELILIGW AEGRRWADII KPGSVNTDPV FPNNKLTGTD VGYPGGLWFD PLGWGSGSPA 201: KLKELRTKEI KNGRLAMLAV MGAWFQHIYT GTGPIDNLFA HLADPGHATI FAAFTPK |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)