AT3G61240.2
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : DEA(D/H)-box RNA helicase family protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
DEA(D/H)-box RNA helicase family protein; FUNCTIONS IN: helicase activity, ATP binding, ATP-dependent helicase activity, nucleic acid binding; EXPRESSED IN: 24 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: RNA helicase, DEAD-box type, Q motif (InterPro:IPR014014), DNA/RNA helicase, DEAD/DEAH box type, N-terminal (InterPro:IPR011545), RNA helicase, ATP-dependent, DEAD-box, conserved site (InterPro:IPR000629), DEAD-like helicase, N-terminal (InterPro:IPR014001), DNA/RNA helicase, C-terminal (InterPro:IPR001650), Helicase, superfamily 1/2, ATP-binding domain (InterPro:IPR014021); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: DEA(D/H)-box RNA helicase family protein (TAIR:AT2G45810.1); Has 35333 Blast hits to 34131 proteins in 2444 species: Archae - 798; Bacteria - 22429; Metazoa - 974; Fungi - 991; Plants - 531; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 9610 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr3:+:22666590..22669154 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 56778.10 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 8.51 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.50 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 498 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MNTNRGRYPP GVGTGRGAPP NPDYHQSYRQ QQPPQDQQYV QRGYSQNPQQ MQLQQQHQQQ QQQQQWSRRP QLPGNASNAN EVVQQTTQPE ASSDANGQDW 101: KATLRLPPPD TRYQTADVTA TKGNEFEDYF LKRDLLKGIY EKGFEKPSPI QEESIPIALT GSDILARAKN GTGKTGAFCI PVLEKIDPNN NVIQAMILVP 201: TRELALQTSQ VCKELSKYLN IQVMVTTGGT SLRDDIMRLH QPVHLLVGTP GRILDLTKKG VCVLKDCAML VMDEADKLLS AEFQPSLEEL IQFLPQNRQF 301: LMFSATFPVT VKAFKDRHLR KPYVINLMDQ LTLMGVTQYY AFVEERQKVH CLNTLFSKLQ INQSIIFCNS VNRVELLAKK ITELGYSCFY IHAKMVQDHR 401: NRVFHEFRNG ACRNLVCTDL FTRGIDIQAV NVVINFDFPR TSESYLHRVG RSGRFGHLGL AVNLVTYEDR FKMYQTEQEL GTEIKPIPSN IDQAIYCQ |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)