AT3G60870.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : AT-hook motif nuclear-localized protein 18 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Encodes an AT hook domain containing protein that, when overexpressed, delays flowering. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
AT-hook motif nuclear-localized protein 18 (AHL18); CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Protein of unknown function DUF296 (InterPro:IPR005175), Predicted AT-hook DNA-binding (InterPro:IPR014476); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: AT-hook motif nuclear-localized protein 22 (TAIR:AT2G45430.1); Has 760 Blast hits to 756 proteins in 23 species: Archae - 0; Bacteria - 2; Metazoa - 0; Fungi - 0; Plants - 758; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 0 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr3:+:22493204..22494001 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 28413.50 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 8.11 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.46 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 265 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MDEVSRSHTP QFLSSDHQHY HHQNAGRQKR GREEEGVEPN NIGEDLATFP SGEENIKKRR PRGRPAGSKN KPKAPIIVTR DSANAFRCHV MEITNACDVM 101: ESLAVFARRR QRGVCVLTGN GAVTNVTVRQ PGGGVVSLHG RFEILSLSGS FLPPPAPPAA SGLKVYLAGG QGQVIGGSVV GPLTASSPVV VMAASFGNAS 201: YERLPLEEEE ETEREIDGNA ARAIGTQTQK QLMQDATSFI GSPSNLINSV SLPGEAYWGT QRPSF |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)