AT3G60390.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 1.000 ASURE: nucleus What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : homeobox-leucine zipper protein 3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Encodes homeobox protein HAT3. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
homeobox-leucine zipper protein 3 (HAT3); FUNCTIONS IN: sequence-specific DNA binding transcription factor activity; INVOLVED IN: regulation of transcription, DNA-dependent, transcription, regulation of transcription; LOCATED IN: nucleus; EXPRESSED IN: 20 plant structures; EXPRESSED DURING: 12 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: HD-ZIP protein, N-terminal (InterPro:IPR006712), Homeobox, conserved site (InterPro:IPR017970), Homeobox (InterPro:IPR001356), Homeodomain-like (InterPro:IPR009057), Leucine zipper, homeobox-associated (InterPro:IPR003106), Homeodomain-related (InterPro:IPR012287); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: homeobox-leucine zipper protein 4 (TAIR:AT2G44910.1); Has 9598 Blast hits to 9528 proteins in 546 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 7082; Fungi - 271; Plants - 2066; Viruses - 4; Other Eukaryotes - 175 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr3:-:22320788..22322370 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 34749.10 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 8.38 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.71 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 315 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MSERDDGLGL SLSLSLGFNQ KDPSSRLNPM PLASYASSSH MQHMQQSNYN HPQKIQNTWI NMFQSSERNS DMRSFLRGID VNRAPSTVVV DVEDEGAGVS 101: SPNSTVSSVM SGKKSERELM AAAGAVGGGR VEDNEIERAS CSLGGGSDDE DGSGNGDDSS RKKLRLSKEQ ALVLEETFKE HSTLNPKQKM ALAKQLNLRT 201: RQVEVWFQNR RARTKLKQTE VDCEYLKRCC ENLTDENRRL QKEVSELRAL KLSPHLYMHM KPPTTLTMCP SCERVAVTSS SSSVAPPVMN SSSPMGPMSP 301: WAAMPLRQRP AAGSH |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)