AT3G59930.1
|
Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:extracellular 1.000 What is SUBAcon? |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Experimental Localisations and PPI |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|
SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Description (TAIR10) | protein_coding : | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Encodes a defensin-like (DEFL) family protein. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
FUNCTIONS IN: molecular_function unknown; INVOLVED IN: biological_process unknown; LOCATED IN: endomembrane system; BEST Arabidopsis thaliana protein match is: Defensin-like (DEFL) family protein (TAIR:AT5G33355.1); Has 33 Blast hits to 33 proteins in 3 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 0; Fungi - 0; Plants - 33; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 0 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Coordinates (TAIR10) | chr3:-:22139772..22140127 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 8384.25 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 6.45 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | 0.58 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 80 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
1: MAKNLNSVSF TVLLLVLLVA STEILKSDAA CFTFLGECGP EPFTGSNADC LACCVALYKS PPVCAGRVEG VPAHCHCYKS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| See Also |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)