AT3G59610.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:cytosol 0.765 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : F-box family protein / jacalin lectin family protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
F-box family protein / jacalin lectin family protein; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: F-box domain, cyclin-like (InterPro:IPR001810), F-box domain, Skp2-like (InterPro:IPR022364), F-box associated domain, type 1 (InterPro:IPR006527), Mannose-binding lectin (InterPro:IPR001229), F-box associated interaction domain (InterPro:IPR017451); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: jacalin lectin family protein (TAIR:AT3G59590.1); Has 2196 Blast hits to 1799 proteins in 44 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 0; Fungi - 2; Plants - 2192; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 2 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr3:+:22019553..22021199 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 59917.00 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 6.36 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.27 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 521 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MMQPDHDLPY DLEGEILSHL PIQILARFRC VCKRWNTLFK ERRFFNSDLG LARPQFILLA ESKICSVDVN LDGPSIEVHN LPSDIPGYKL YMPMHVEYCD 101: GLFLYATCYG IGICNPWLRQ IRWFKSSYEG YDFSGMGYDN SRQDKHYKIL GSYCTNTTMN ASVTELGSDA WKSYEFAFHS WNLSMSPYSV SLNGNLYWVA 201: YNHESRDYFI QSFDFSTVSF KHYCILPTKN GHRQCDGRSL AIFREDRFSF LEQEIYNTRN IEIWVTKETI KNGDGEAVEW VNLMSVLVPE WSSLSVNYYP 301: PSYFVDEDKV GLTLVICCYN KEGKAYIYIA KGDKFHEIEI KDLVEYNPRH RTYFPNLIQV PTFTMSGRSI TQHQVESRFA PLRGIQVSVG VGGDEWDDGF 401: FDNVKEIIIH TNSLGIIFVK FYYRNGNVRV AGAAHGDSTE TRGLMVPDDD YIEAVQGTYT ESHITSMAFR LHKGNRSLRF GFFEGMSFVL GGARGSKIIG 501: FYGRSSDLYL TAFGVHFSPL P |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)