AT3G59260.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:plasma membrane 0.621 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : pirin, putative | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
pirin, putative; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Pirin, C-terminal (InterPro:IPR008778), Pirin (InterPro:IPR012093), Cupin, RmlC-type (InterPro:IPR011051), Pirin, N-terminal (InterPro:IPR003829); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: pirin (TAIR:AT3G59220.1); Has 7341 Blast hits to 7341 proteins in 1468 species: Archae - 68; Bacteria - 4652; Metazoa - 72; Fungi - 217; Plants - 124; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 2208 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr3:+:21903839..21905188 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 29823.20 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 4.64 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.28 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 271 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MKVMVLSLGK ASPSKSDHEL LDPFVSLVEF SVSPPGGFKD HPHRGFESVT YMFQGGIIHQ DCNGNKGTIH EGDVQWMTAG RGIIHSEMPE EQVNKGLQLW 101: INLPSSAKMI EPKNIEISSS EIPSADDYGV EVKVIAGESM GVKSPFYTKT PIMFLDFTLD PKAQTHQAVP ESWTAFAYIV EGDEGVFSSS DSSTVQAHNV 201: VVFGTGDEVS VWNTSNSRPL RFLLIAGEPI GEPVVQHGPF VMNSQDEIEM TIGDYRNGMN GFEMAKHWRS E |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)