AT3G58390.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:cytosol 0.991 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : Eukaryotic release factor 1 (eRF1) family protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
Eukaryotic release factor 1 (eRF1) family protein; FUNCTIONS IN: translation release factor activity; INVOLVED IN: translational termination, translation; EXPRESSED IN: sperm cell, cultured cell; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: eRF1 domain 2 (InterPro:IPR005141), eRF1 domain 3 (InterPro:IPR005142), eRF1 domain 1 (InterPro:IPR005140), Probable translation factor pelota (InterPro:IPR004405); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: Eukaryotic release factor 1 (eRF1) family protein (TAIR:AT4G27650.1); Has 768 Blast hits to 765 proteins in 318 species: Archae - 259; Bacteria - 0; Metazoa - 140; Fungi - 157; Plants - 51; Viruses - 1; Other Eukaryotes - 160 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr3:-:21600030..21601217 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 44724.00 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 8.98 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.30 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 395 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MKIIRKDFVR NGPGSVKMMA EDSDDLWYTY NLIGPEDSVM AITFRKVGGE GRDSTPSLSR IESKYLGKKR SFTRTERVKL KLEVQVEEVD YDKDGDVMRI 101: RGKNIMENEH VRIGAFHTLE IELKRPFLLR KENWDSLALD TLKQASDLAA SADLAVVLMQ EGLAQIFLAG KSVKSCGARI KTSIPWKHGA GTAGYESVLK 201: KFFENVVQAF LKHVDFSVVR CAVIASPGFT KDQFHRHLLL EAERRQLRPI LENKSRFILV HTNSGYKHSL SEVLHDPNVM NMIKDTKAAK EVKALNDFFT 301: MFSNDPNRAC YGPKHVEVAH ERMAIQTLLI IDGLFRNSDV KTRKKYVDFV ESVKDSGGEV FIFSSMHASG EQLAQHTGIA AILRFPLPDL EDIEM |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)