AT3G58350.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:cytosol 0.624 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : RESTRICTED TEV MOVEMENT 3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Encodes RTM3 (Restricted Tobacco etch potyvirus Movement), a protein belonging to a protein family of 29 members which has a meprin and TRAF homology (MATH) domain in its N-terminal region and a coiled-coil (CC) domain at its C-terminal end. There are at least three RTMs in Arabidopsis. RTM proteins might form a multiprotein complex in the resistance mechanism to block the long distance movement of potyviruses. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
RESTRICTED TEV MOVEMENT 3 (RTM3); CONTAINS InterPro DOMAIN/s: TRAF-like (InterPro:IPR008974), MATH (InterPro:IPR002083); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: TRAF-like family protein (TAIR:AT3G58360.1); Has 797 Blast hits to 693 proteins in 52 species: Archae - 0; Bacteria - 2; Metazoa - 4; Fungi - 33; Plants - 733; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 25 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr3:-:21591618..21592836 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 34073.90 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 5.30 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.39 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 301 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MGKQFDKKIT WTIKNFASLL SDLIYSDHFV VGGCKWHLRA YPKGYNNANS LSLFLGVAVP TSLPSGWRRH TKFRLTLVNQ LSDKLSQSKL NELEQWFDEK 101: TTNWGLSSMC PLNEIHAKDS GFLLNGELKI VVEIKVLETI GKLDVTEETS TITETVDVNG FQLLPSQAKS VSRMFAKHPE LASDLRPKNP NLRTGYMSLL 201: LSLIETLSQL PQQMSKDDLL DAYDALGSMR DAGFKLDWLE KKLYEVSEKK ENEEASETGL QEMEEELKDM KQKCLEMEAL VEKEKAKVST AKAPISFDDI 301: V |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)