AT3G58030.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : RING/U-box superfamily protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
RING/U-box superfamily protein; FUNCTIONS IN: zinc ion binding; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Zinc finger, RING-type, conserved site (InterPro:IPR017907), Zinc finger, RING-type (InterPro:IPR001841), Zinc finger, C3HC4 RING-type (InterPro:IPR018957); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: RING/U-box superfamily protein (TAIR:AT2G42030.1); Has 4227 Blast hits to 4219 proteins in 268 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 2446; Fungi - 474; Plants - 832; Viruses - 22; Other Eukaryotes - 453 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr3:+:21485527..21486837 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 48705.90 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 5.83 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.69 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 436 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MGEELADTMN LDLNLGPGPE SDLQPAPNET VNLADWTNDP PERSSEAVTR IRTRHRTRFR QLNLPIPVLS ETHTMAIELN QLMGNSVNRA AMQTGEGSER 101: GNEDLKMCEN GDGALGDGVL DKKADVEKSS GSDGNFFDCN ICLDLSKEPV LTCCGHLYCW PCLYQWLQIS DAKECPVCKG EVTSKTVTPI YGRGNHKREI 201: EESLDTKVPM RPHARRIESL RNTIQRSPFT IPMEEMIRRI QNRFDRDSTP VPDFSNREAS ERVNDRANSI LNRLMTSRGV RSEQNQASAA AAAIVAASED 301: IDLNPNIAPD LEGESNTRFH PLLIRRQLQS HRVARISTFT SALSSAERLV DAYFRTHPLG RNHQEQNHHA PVVVDDRDSF SSIAAVINSE SQVDTAVEID 401: SMALSTSSSR RRNENGSRVS DVDSADSRPP RRRRFT |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)