AT3G56580.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : RING/U-box superfamily protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
RING/U-box superfamily protein; FUNCTIONS IN: zinc ion binding; INVOLVED IN: biological_process unknown; LOCATED IN: cellular_component unknown; EXPRESSED IN: 18 plant structures; EXPRESSED DURING: 11 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Zinc finger, RING-type (InterPro:IPR001841), Zinc finger, C3HC4 RING-type (InterPro:IPR018957); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: RING-H2 finger C1A (TAIR:AT2G40830.3); Has 10169 Blast hits to 10097 proteins in 280 species: Archae - 0; Bacteria - 6; Metazoa - 2759; Fungi - 920; Plants - 4864; Viruses - 13; Other Eukaryotes - 1607 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr3:+:20962563..20963525 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 35793.40 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 7.99 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.80 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 320 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MSSIRNTHWC HRCQRAVWLR ARDAVCSYCG GGFVEEIDIG PSRAHRDVER DPTFDLMEAF SAFMRSRLAE RSYDREISGR LGSAGSESFS NLAPLLIFGG 101: QAPFRLAGGD NSSVEAFVNG AAPGIGIARG TNAGDYFFGP GLEELIEQLS SGTHHRGPPP APKSSIDALP TIKITQKHLK SSDSHCPVCK DEFELKSEAK 201: QMPCHHIYHS DCIVPWLVQH NSCPVCRKEL PSRGSSSSTQ SSQNRSTNGR ENSRRRNIFS NLWPFRSSSS SSTQNRRDTN NTATAEEGHY HHHQQQQQQH 301: QHQHQQQQSH MGYSGWPFDY |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)