AT3G56540.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:extracellular 0.925 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : alpha/beta-Hydrolases superfamily protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
alpha/beta-Hydrolases superfamily protein; FUNCTIONS IN: serine-type carboxypeptidase activity; INVOLVED IN: proteolysis; EXPRESSED IN: pollen tube; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Peptidase S10, serine carboxypeptidase (InterPro:IPR001563), Peptidase S10, serine carboxypeptidase, active site (InterPro:IPR018202); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: serine carboxypeptidase-like 39 (TAIR:AT3G52020.1); Has 3496 Blast hits to 3462 proteins in 393 species: Archae - 0; Bacteria - 271; Metazoa - 619; Fungi - 840; Plants - 1342; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 424 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr3:+:20950823..20951892 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 29738.50 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 6.62 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.51 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 264 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MGKLQDWSIT TCLFLFFLHA SQTHCTSQSH VRNRLYRSKR GIGSSIDTSH LNAIRRLSVS LSLQNISGVN QQEQKERDLI ENLPGQPSVN FKQYGGYVTV 101: NESAGRSLYY YFVEATNTKN SSPLVLWLNG GPGCSSLYGA FQELGPFRVH SDNKTLYTNP YSWNNVANML FLESPAGTGF SYTNTTTDME NPGDMKTAAD 201: NYVFLVKWLE RFPEYKGRDF YIAGESYAGH YVQWRHGCGD FGDSYNVRTE DDESNGCYGM ASVV |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)