AT3G55400.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:plastid 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : methionyl-tRNA synthetase / methionine--tRNA ligase / MetRS (cpMetRS) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
OVULE ABORTION 1 (OVA1); FUNCTIONS IN: methionine-tRNA ligase activity, aminoacyl-tRNA ligase activity, ATP binding; INVOLVED IN: tRNA aminoacylation for protein translation, ovule development; LOCATED IN: mitochondrion, chloroplast; EXPRESSED IN: 23 plant structures; EXPRESSED DURING: 15 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Rossmann-like alpha/beta/alpha sandwich fold (InterPro:IPR014729), Valyl/Leucyl/Isoleucyl-tRNA synthetase, class I, anticodon-binding (InterPro:IPR013155), Methionyl-tRNA synthetase, class Ia, N-terminal (InterPro:IPR014758), Aminoacyl-tRNA synthetase, class I (M) (InterPro:IPR015413), Methionyl-tRNA synthetase, class Ia (InterPro:IPR002304), Aminoacyl-tRNA synthetase, class 1a, anticodon-binding (InterPro:IPR009080); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: methionine--tRNA ligase, putative / methionyl-tRNA synthetase, putative / MetRS, putative (TAIR:AT4G13780.1); Has 26528 Blast hits to 25030 proteins in 3018 species: Archae - 991; Bacteria - 17017; Metazoa - 429; Fungi - 593; Plants - 193; Viruses - 3; Other Eukaryotes - 7302 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr3:-:20535809..20538999 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 69277.60 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 6.52 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.30 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 616 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MAARINTSLH NALSFLKPFN TPLNTKPFSF RRNSFRFSKK LPYYSQFSSG KRALYCTSSS QESTVDEGET FVLTTPLYYV NAPPHMGSAY TTIAADSIAR 101: FQRLLGKKVI FITGTDEHGE KIATSAAANG RNPPEHCDLI SQSYRTLWKD LDIAYDKFIR TTDPKHEAIV KEFYARVFAN GDIYRADYEG LYCVNCEEYK 201: DEKELLENNC CPVHQMPCVA RKEDNYFFAL SKYQKPLEDI LAQNPRFVQP SYRLNEVQSW IKSGLRDFSI SRALVDWGIP VPDDDKQTIY VWFDALLGYI 301: SALTEDNKQQ NLETAVSFGW PASLHLIGKD ILRFHAVYWP AMLMSAGLEL PKMVFGHGFL TKDGMKMGKS LGNTLEPFEL VQKFGPDAVR YFFLREVEFG 401: NDGDYSEDRF IKIVNAHLAN TIGNLLNRTL GLLKKNCEST LVVDSTVAAE GVPLKDTVEK LVEKARTNYE NLSLSSACEA VLEIGNAGNT YMDQRAPWFL 501: FKQGGVSAEE AAKDLVIILE VMRVIAVALS PVAPCLSLRI YSQLGYTEDQ FNSITWSDTK WGGLKGGQVM EQASPVFARI ELNPEKEEDE KKPKVGKKTG 601: KAKVKVVEQT PTVAEA |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)