AT3G55330.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:plastid 1.000 ASURE: plastid What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : PsbP-like protein 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
PsbP-like protein 1 (PPL1); FUNCTIONS IN: calcium ion binding; INVOLVED IN: photosynthesis; LOCATED IN: in 6 components; EXPRESSED IN: 24 plant structures; EXPRESSED DURING: 14 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Photosystem II oxygen evolving complex protein PsbP (InterPro:IPR002683), Mog1/PsbP/DUF1795, alpha/beta/alpha sandwich (InterPro:IPR016124), Mog1/PsbP, alpha/beta/alpha sandwich (InterPro:IPR016123); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: PsbP-like protein 2 (TAIR:AT2G39470.2); Has 595 Blast hits to 595 proteins in 103 species: Archae - 0; Bacteria - 112; Metazoa - 0; Fungi - 0; Plants - 355; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 128 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr3:-:20514031..20515275 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 25624.70 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 9.90 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.22 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 230 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MASLKLSPSS PISISKVGVI PSSKKGLSFL VKAEHHSSSS SSHLQDKCQR RLIVTFGVVA PWISLLSRAP LSFAAESKKG FLAVSDNKDA YAFLYPFGWQ 101: EVVIEGQDKV YKDVIEPLES VSVNLVPTSK QTIKEFGPPK QIAETLIKKV LAPPNQKTTL IDASEHDVDG KTYYQFEFTV QARNYTRHAL GTITVFNGNF 201: YTLTTGANER RWEKMKDRLH TVVDSFKITV |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)