AT3G54940.2
|
Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:extracellular 1.000 What is SUBAcon? |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Experimental Localisations and PPI |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|
SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Description (TAIR10) | protein_coding : Papain family cysteine protease | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
Papain family cysteine protease; FUNCTIONS IN: cysteine-type endopeptidase activity, cysteine-type peptidase activity; INVOLVED IN: proteolysis; LOCATED IN: endomembrane system; EXPRESSED IN: embryo, sepal, carpel; EXPRESSED DURING: 4 anthesis, C globular stage; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Peptidase C1A, papain (InterPro:IPR013128), Proteinase inhibitor I29, cathepsin propeptide (InterPro:IPR013201), Peptidase C1A, papain C-terminal (InterPro:IPR000668), Peptidase, cysteine peptidase active site (InterPro:IPR000169); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: Papain family cysteine protease (TAIR:AT2G21430.1); Has 7716 Blast hits to 7658 proteins in 713 species: Archae - 63; Bacteria - 225; Metazoa - 3256; Fungi - 4; Plants - 1843; Viruses - 138; Other Eukaryotes - 2187 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Coordinates (TAIR10) | chr3:+:20354402..20356127 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 40135.00 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 7.20 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.20 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 367 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MVAKALAQLI TCIILFCHVV ASVEDLTIRQ VTADNRRIRP NLLGTHTESK FRLFMSDYGK NYSTREEYIH RLGIFAKNVL KAAEHQMMDP SAVHGVTQFS 101: DLTEEEFKRM YTGVADVGGS RGGTVGAEAP MVEVDGLPED FDWREKGGVT EVKNQGACGS CWAFSTTGAA EGAHFVSTGK LLSLSEQQLV DCDQACDPKD 201: KKACDNGCGG GLMTNAYEYL MEAGGLEEER SYPYTGKRGH CKFDPEKVAV RVLNFTTIPL DENQIAANLV RHGPLAVGLN AVFMQTYIGG VSCPLICSKR 301: NVNHGVLLVG YGSKGFSILR LSNKPYWIIK NSWGKKWGEN GYYKLCRGHD ICGINSMVSA VATQVSS |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| See Also |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)