AT3G54620.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 1.000 ASURE: nucleus What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : basic leucine zipper 25 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
bZIP transcription factor-like protein mRNA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
basic leucine zipper 25 (BZIP25); FUNCTIONS IN: protein heterodimerization activity, sequence-specific DNA binding transcription factor activity; INVOLVED IN: regulation of transcription, DNA-dependent; LOCATED IN: chloroplast; EXPRESSED IN: 23 plant structures; EXPRESSED DURING: 15 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Basic-leucine zipper (bZIP) transcription factor (InterPro:IPR004827), bZIP transcription factor, bZIP-1 (InterPro:IPR011616), Basic leucine-zipper, C-terminal (InterPro:IPR020983); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: bZIP transcription factor family protein (TAIR:AT4G02640.2); Has 2261 Blast hits to 2259 proteins in 207 species: Archae - 2; Bacteria - 16; Metazoa - 141; Fungi - 138; Plants - 1903; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 61 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr3:-:20218085..20220341 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 44333.00 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 6.60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.89 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 403 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MHIVFSVDDL TESFWPVPAP APSPGSSSTP SPTQNVADGM TRSQSEWAFH RLINELSGSD SSPTTNTIER SPPPVQSLSR LEETVDETED VVEIQKPQNH 101: RRLPVDDQGK NRNRAPSSDP VDSSAPVVVD PNQYHAILKS KLELACAAVA RRVGTVKPED SSASASNQKQ AQGSIVAQTS PGASSVRFSP TTSTQKKPDV 201: PARQTSISSR DDSDDDDLDG DADNGDPTDV KRARRMLSNR ESARRSRRRK QEQMNEFDTQ VGQLRAEHST LINRLSDMNH KYDAAAVDNR ILRADIETLR 301: TKVKMAEETV KRVTGVNPLH WSRPNMGIPF SNTPSASSSI PPNSNHILKP ANSSTNTSAG LAQNQRVETA NFLPEQVNRE GMQNPFAPDS NLYETLPHWN 401: HKH |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)