AT3G54250.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:cytosol 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : GHMP kinase family protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
GHMP kinase family protein; FUNCTIONS IN: diphosphomevalonate decarboxylase activity, kinase activity, ATP binding; INVOLVED IN: isoprenoid biosynthetic process, phosphorylation; LOCATED IN: cellular_component unknown; EXPRESSED IN: 19 plant structures; EXPRESSED DURING: 9 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Diphosphomevalonate decarboxylase (InterPro:IPR005935), Ribosomal protein S5 domain 2-type fold (InterPro:IPR020568), GHMP kinase (InterPro:IPR006204), Ribosomal protein S5 domain 2-type fold, subgroup (InterPro:IPR014721); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: mevalonate diphosphate decarboxylase 1 (TAIR:AT2G38700.1); Has 1522 Blast hits to 1521 proteins in 681 species: Archae - 55; Bacteria - 885; Metazoa - 122; Fungi - 149; Plants - 60; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 251 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr3:-:20082468..20084688 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 46250.10 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 6.43 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.29 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 419 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MATEKWVFMV TAQTPTNIAV IKYWGKRDEV RILPVNDSIS VTLDPDHLCT VTTVAVSPAF DRDRMWLNGK EISLSGSRYQ NCLREIRGRA GDVEDMEKGI 101: KIRKKDWEKL NLHIASHNNF PTAAGLASSA AGFACLVFSL AKLMNVDEDP SHLSAIARQG SGSACRSLFG GFVKWTMGSK EDGSDSVAVQ LADEKHWDDL 201: VIIIAVVSSR QKETSSTSGM RESVETSLLL QHRAKEVVPK RILQMEEAIK NRDFASFTQL TCTDSNQFHA VCLDTSPPIF YMNDTSHRII SLVEKWNRSE 301: GTPQVAYTFD AGPNAVLIAR NRKVAVQLLQ GLLYYFPPKS DTDMKSYVVG DNSILKEAGL DGASGVENLQ PPPEIKDNIG SQDQKGEVSY FICTRPGKGP 401: IVLHDQTQAL LDPETGLPK |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)