AT3G53880.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:cytosol 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : NAD(P)-linked oxidoreductase superfamily protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
NAD(P)-linked oxidoreductase superfamily protein; FUNCTIONS IN: oxidoreductase activity; INVOLVED IN: response to cadmium ion; EXPRESSED IN: 25 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Aldo/keto reductase (InterPro:IPR001395), Aldo/keto reductase subgroup (InterPro:IPR020471), Aldo/keto reductase, conserved site (InterPro:IPR018170); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: NAD(P)-linked oxidoreductase superfamily protein (TAIR:AT2G37770.2); Has 24440 Blast hits to 24411 proteins in 2487 species: Archae - 380; Bacteria - 16102; Metazoa - 2117; Fungi - 1777; Plants - 1502; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 2562 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr3:+:19953238..19955171 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 35038.20 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 6.96 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.22 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 315 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MADEIGFFQL NTGAKIPSVG LGTWQAAPGV VGDAVAAAVK IGYQHIDCAS RYGNEIEIGK VLKKLFDDGV VKREKLFITS KIWLTDLDPP DVQDALNRTL 101: QDLQLDYVDL YLMHWPVRLK KGTVDFKPEN IMPIDIPSTW KAMEALVDSG KARAIGVSNF STKKLSDLVE AARVPPAVNQ VECHPSWQQH KLHEFCKSKG 201: IHLSGYSPLG SPGTTWVKAD VLKSPVIEMI AKEIGKSPAQ TALRWGLQMG HSILPKSTNE GRIRENFDVL GWSIPKEMFD KFSKIEQARL VQGTSFVHET 301: LSPYKTLEEL WDGEI |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)