AT3G51380.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:cytosol 0.993 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : IQ-domain 20 | ||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
IQ-domain 20 (IQD20); CONTAINS InterPro DOMAIN/s: IQ calmodulin-binding region (InterPro:IPR000048); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: IQ-domain 21 (TAIR:AT3G49260.3); Has 730 Blast hits to 729 proteins in 33 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 25; Fungi - 3; Plants - 702; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 0 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr3:-:19074036..19074426 | ||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 11818.00 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 12.95 | ||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.08 | ||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 103 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MANSKRLFGV VRRKLLRRSQ SRITIIRSSA PETTREEIAA VKIQAFFRGH LARRAFKALK SLVKLQAVAR GVLVRRQARI ALHCMHALAR LQVRVRARQL 101: LSH |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)