AT3G49430.2
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 0.922 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : SER/ARG-rich protein 34A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
SER/ARG-rich protein 34A (SRp34a); FUNCTIONS IN: RNA binding, nucleotide binding, nucleic acid binding; INVOLVED IN: RNA splicing; EXPRESSED IN: 24 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: RNA recognition motif, RNP-1 (InterPro:IPR000504), Nucleotide-binding, alpha-beta plait (InterPro:IPR012677); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: RNA-binding (RRM/RBD/RNP motifs) family protein (TAIR:AT1G02840.2); Has 61 Blast hits to 44 proteins in 12 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 27; Fungi - 0; Plants - 30; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 4 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr3:+:18332668..18334617 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 33464.60 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 10.95 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.79 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 297 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MSGRFSRSIY VGNLPGDIRE HEIEDIFYKY GRIVDIELKV PPRPPCYCFV EFEHSRDAED AIKGRDGYNL DGCRLRVELA HGGRGQSSSD RRGGYGGGGS 101: GYGGGGGGGG SARFGVSRHS EFRVIVRGLP SSASWQDLKD HMRKAGDVCF AEVTRDSDGT YGVVDYTNYD DMKYAIRKLD DTEFRNPWAR GFIRVKKYES 201: SRSRSRSPSR SRSRSRSRSR SRGRGRSHSR SRSLSRSKSP RKDLSKSPRR SLSRSISKSR SPSPDKKKSP PRQVFCPSFV FFLSTIMILL FVLLFLL |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)