AT3G49340.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:extracellular 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : Cysteine proteinases superfamily protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
Cysteine proteinases superfamily protein; FUNCTIONS IN: cysteine-type endopeptidase activity, cysteine-type peptidase activity; INVOLVED IN: proteolysis; EXPRESSED IN: 10 plant structures; EXPRESSED DURING: 9 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Peptidase C1A, papain (InterPro:IPR013128), Proteinase inhibitor I29, cathepsin propeptide (InterPro:IPR013201), Peptidase C1A, papain C-terminal (InterPro:IPR000668), Peptidase, cysteine peptidase active site (InterPro:IPR000169); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: Cysteine proteinases superfamily protein (TAIR:AT2G27420.1); Has 7805 Blast hits to 7737 proteins in 710 species: Archae - 57; Bacteria - 222; Metazoa - 3269; Fungi - 4; Plants - 1892; Viruses - 135; Other Eukaryotes - 2226 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr3:-:18293347..18294577 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 37689.90 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 4.27 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.31 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 341 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MTSIVFFLLA ILLSSRTSGV TSRGGLFEAS AVEKHEQWMS RFNRVYSDDS EKTSRFEIFT NNLKFVESIN MNTNKTYTLD VNEFSDLTDE EFKARYTGLV 101: VPEGMTRIST TDSHETVSFR YENVGETGES MDWIQEGAVT SVKHQQQCGC CWAFSAVAAV EGMTKIANGE LVSLSEQQLL DCSTENNGCG GGIMWKAFDY 201: IKENQGITTE DNYPYQGAQQ TCESNHLAAA TISGYETVPQ NDEEALLKAV SQQPVSVAIE GSGYEFIHYS GGIFNGECGT QLTHAVTIVG YGVSEEGIKY 301: WLLKNSWGES WGENGYMRIM RDVDSPQGMC GLASLAYYPV A |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)