AT3G49020.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 0.973 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : FBD, F-box and Leucine Rich Repeat domains containing protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
FBD, F-box and Leucine Rich Repeat domains containing protein; FUNCTIONS IN: molecular_function unknown; INVOLVED IN: biological_process unknown; LOCATED IN: nucleus; EXPRESSED IN: flower; EXPRESSED DURING: 4 anthesis; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: FBD (InterPro:IPR013596), F-box domain, cyclin-like (InterPro:IPR001810), F-box domain, Skp2-like (InterPro:IPR022364), FBD-like (InterPro:IPR006566), Leucine-rich repeat 2 (InterPro:IPR013101); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: FBD, F-box and Leucine Rich Repeat domains containing protein (TAIR:AT3G49030.1); Has 1936 Blast hits to 1896 proteins in 26 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 1; Fungi - 0; Plants - 1935; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 0 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr3:+:18169079..18170660 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 51423.20 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 5.86 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.08 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 447 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MEQKCKIGGE GLRNRGLVNE EDRISELPEA LLLLILSSLP TETVIATSVL SKQWKSLWKL VPNLKFDSKY HYHYTFSDNV FRSLISHKAP VLDSLHLKVE 101: DKDDALDVGI LIGIAFSRHM RKFVLKITLL EESFVRFPSA WCSCNDTLEI LELKYCILLD FPSLVCLKSL RKLYLYHVRF NDEESVCNLL CGCPSLEDLV 201: VHRHSTTDVE SYTIAVPSLQ RLTIYDDYYG EGVGGYVINA PSLKYLNIDG FNGLEFCLIE KAPELVEAKI SAVFEIANEN IMDSLTSAKC LSLHLAPFKI 301: KYPTGKIFYQ LLSLELRAYS YEWWNLLWFM LDSSPKLQIL KLVDPYQFPK EDCSVGWEWS RPKCVPECLL FHLETFVWTR YEWQREDEKA VATYILKNAR 401: CLKKATLSTK PIGSEELEKL GKRREMLNEL ATQASPSNSC NLVFESE |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)