AT3G48870.2
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:plastid 0.997 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : Clp ATPase | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Encodes a nuclear encoded protein with similarity to Clpa regulatory subunit of CLP protease complex. The protein is localized to the chloroplast stroma. May function redundantly with TIC complex in chloroplast protein import. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
HSP93-III; FUNCTIONS IN: in 6 functions; INVOLVED IN: protein import into chloroplast stroma, chloroplast organization; LOCATED IN: mitochondrion, chloroplast, chloroplast stroma, Tic complex; EXPRESSED IN: guard cell; EXPRESSED DURING: seed development stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Clp ATPase, C-terminal (InterPro:IPR019489), ATPase, AAA-type, core (InterPro:IPR003959), ATPase, AAA-2 (InterPro:IPR013093), ATPase, AAA+ type, core (InterPro:IPR003593), Chaperonin clpA/B (InterPro:IPR001270), Chaperonin ClpA/B, conserved site (InterPro:IPR018368), Clp, N-terminal (InterPro:IPR004176), UvrB/UvrC protein (InterPro:IPR001943); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: CLPC homologue 1 (TAIR:AT5G50920.1). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr3:-:18122363..18125915 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 102248.00 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 6.10 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.31 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 921 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MKMSSLKAPV LRIQATEYRE PRGRVKMMSS LQAPLLTIQS FSGLRAPSAL DYLGRPSPGF LVKYKLAKSS GREKASRCVP KAMFERFTEK AIKVIMLSQE 101: EARRLGHNFV GTEQILLGLI GEGTGIAAKV LKSMGINLKD SRVEVEKIIG RGSGFVAVEI PFTPRAKRVL ELSLEEARQL GHNYIGSEHL LLGLLREGEG 201: VAARVLENLG ADPSNIRTQV IRMVGENNEV TASVGGGSSG NSKMPTLEEY GTNLTKLAEE GKLDPVVGRQ PQIERVVQIL ARRTKNNPCL IGEPGVGKTA 301: IAEGLAQRIA SGDVPETIEG KTVITLDMGL LVAGTKYRGE FEERLKKLME EIRQSDEIIL FIDEVHTLIG AGAAEGAIDA ANILKPALAR GELQCIGATT 401: IDEYRKHIEK DPALERRFQP VKVPEPTVEE AIQILQGLRE RYEIHHKLRY TDEALVAAAQ LSHQYISDRF LPDKAIDLID EAGSRVRLRH AQLPEEAREL 501: EKQLRQITKE KNEAVRSQDF EMAGSHRDRE IELKAEIANV LSRGKEVAKA ENEAEEGGPT VTESDIQHIV ATWTGIPVEK VSSDESSRLL QMEQTLHTRV 601: IGQDEAVKAI SRAIRRARVG LKNPNRPIAS FIFSGPTGVG KSELAKALAA YYFGSEEAMI RLDMSEFMER HTVSKLIGSP PGYVGYTEGG QLTEAVRRRP 701: YTLVLFDEIE KAHPDVFNMM LQILEDGRLT DSKGRTVDFK NTLLIMTSNV GSSVIEKGGR RIGFDLDHDE KDSSYNRIKS LVTEELKQYF RPEFLNRLDE 801: MIVFRQLTKL EVKEIADIML KEVVARLEVK EIELQVTERF KERVVDEGFD PSYGARPLRR AIMRLLEDSM AEKMLSRDIK EGDSVIVDVD AEGSVVVLSG 901: TTGRVGGFAA EEAMEDPIPI L |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)